1988 wurde darin das Museum zur Geschichte der Juden in Kreis und Stadt Heilbronn eröffnet. Es zeigt die Geschichte der Juden in unserem Raum von den frühesten Spuren bis zur Verfolgung unter den Nazis und bietet Gelegenheit, jüdischen Menschen und jüdischer Kultur und Religion zu begegnen. Seit 2012 erinnert eine Sonderausstellung an das im benachbarten Eschenau 1941 eingerichtete jüdische Zwangsaltersheim. Nur sechs Heimbewohner überlebten die Deportation im Sommer 1942.
Für die Bildungsarbeit, Veranstaltungen und Führungen im Museum ist der „Freundeskreis ehemalige Synagoge Affaltrach e. V.“ verantwortlich.