Deshalb leben hier noch viele sehr seltene Tier- und Pflanzenarten. Die Jagst hat somit auch eine wichtige Funktion als "Ausbreitungszentrum", d. h. von hier aus werden andere Flüsse wieder besiedelt, in denen sich die Wasserqualität deutlich verbessert hat, wie Kocher und Neckar. Naturnahe Flüsse sind durch ihre Vielfalt an Lebensräumen geprägt. Steile Uferabbrüche nutzt z. B. der scheue Eisvogel, um dort seine Niströhre hinein zu graben.
Ruhezeiten sind nötig
Die immer stärker werdende Beanspruchung der Jagst durch Freizeitnutzungen wie z. B. Kanus und Paddelboote macht es notwendig, für die sehr störungsempfindlichen Vogelarten in der Brut- und Aufzuchtzeit Ruhezeiten zu schaffen. Aber auch die Unterwassertierwelt, die insbesondere während der Niedrigwasserzeiten stark durch Paddelschlag, Schrammen der Boote über den Gewässergrund und Tritt gefährdet ist, benötigt Schutz.
Einige Abschnitte sind für den Bootsbetrieb mit Rücksicht auf die empfindliche Natur zeitlich gesperrt. Zudem wurde eine Mindestpegelregelung eingeführt, die das Befahren der Jagst von der Landkreisgrenze bei Jagsthausen bis zur Mündung in den Neckar bestimmt.